Pepi II thường được nhắc đến như là vị vua cai trị lâu nhất trong lịch sử, điều này là nhờ một tác phẩm ghi chép lại lịch sử Ai Cập vào thế kỷ thứ 3 TCN của Manetho mà trong đó ghi lại rằng triều đại của vị vua này kéo dài 94 năm; tuy niên điều này đã bị tranh luận bởi một số nhà Ai Cập học như Hans Goedicke và Michel Baud do sự thiếu vắng của những ngày tháng chứng thực được biết đến đối với Pepi II sau lần kiểm kê gia súc thứ 31 của ông (Năm thứ 62 nếu như là hai năm một lần). Những nguồn cổ đại vốn được Manetho dựa vào đó để ước lượng đã mất từ lâu, và có thể là kết quả của một sự đọc sai nhân danh của Manetho (xem von Beckerath).[17] Cuộn giấy cói Turin quy cho Pepy II một triều đại 90+ [X] năm, nhưng văn kiện này có niên đại là vào triều đại của Ramesses II, 1000 năm sau đó, và sự chính xác của nó đối với độ dài triều đại của vị vua thuộc thời kỳ Cổ Vương quốc, Pepi II, là không chắc chắn.

Tuy nhiên, ở thời điểm hiện tại, nguồn văn kiện lâu đời nhất cùng thời với Pepi II có niên đại là vào "Năm sau lần kiểm kê gia súc thứ 31, tháng thứ nhất của Shemu, ngày thứ 20" có nguồn gốc từ hình vẽ Hatnub số 7 (Spalinger, 1994),[18], giả sử như hệ thống kiểm kê gia súc này là hai năm một lần, điều này ngụ ý rằng nhà vua đã có một triều đại kéo dài ít nhất 62 năm trọn vẹn hoặc một phần của năm thứ 62. Bởi vậy, một số nhà Ai Cập học thay vào đó đề xuất rằng Pepi II đã cai trị không quá 64 năm.[19] Những nhà Ai Cập học này chống lại quan điểm về một triều đại 94 năm dành cho Pepi II và ủng hộ quan điểm về một triều đại ngắn hơn không quá 64 năm cho vị vua này.[4] Điều này dựa trên sự thiếu vắng hoàn toàn của những niên đại chứng thực cao hơn dành cho Pepi vượt quá năm sau lần kiểm kê gia súc thứ 31 (Năm thứ 62 nếu như việc kiểm kê gia súc được tiến hành hai năm một lần). Một giả thuyết trước kia của Hans Goedicke về Năm của lần kiểm kê gia súc thứ 33 dường như là dành cho Pepi II trong một sắc lệnh hoàng gia cho giáo phái tang lễ của nữ hoàng Udjebten đã được bản thân Goedicke rút lại vào năm 1988 và thay vào đó là nhằm ủng hộ cho cách đọc là "Năm của lần kiểm kê gia súc thứ 24" theo cách chú giải của Spalinger.[18] Goedicke viết rằng Pepi II được chứng thực bằng nhiều năm niên đại cho tới tận Năm của lần kiểm kê gia súc thứ 31 mà ngụ ý một cách chắc chắn rằng vị vua này đã qua đời ngay sau khi đã cai trị được 64 năm.[20] Tuy nhiên, một số học giả khác lưu ý rằng sự thiếu vắng của các nguồn đương thời có niên đại sau năm cai trị thứ 62 của ông không loại trừ được khả năng về một triều đại lâu dài hơn, đặc biệt là bởi vì sự kết thúc của triều đại Pepi II được đánh dấu bằng một sự suy tàn nhanh chóng bao quanh vận mệnh của các vị pharaon Cổ Vương quốc đã kế tục ông.[2]